Den 2009 AFC Cup var den sjette sæson af AFC Cup og konkurrerede blandt klubber fra nationer, der er medlemmer af Asian Football Confederation .
Da Asian Football Confederation har gennemgået formatet på AFC Champions League og foretaget betydelige ændringer i konkurrencens afvikling, er de hold, der kvalificerede sig til AFC Cup, også fra forskellige lande i forhold til de tidligere udgaver.
3 hold, der ikke opfyldte kriterierne for at deltage i 2009 AFC Champions League kvalificerende slutspil (så hver forening havde et ekstra hold at kvalificere sig):
Lodtrækningen til gruppespillet blev afholdt den 12. januar 2009 i Kuala Lumpur , Malaysia .
Hver klub spiller dobbelt round-robin (hjemme og ude) mod tre andre gruppemedlemmer, i alt 6 kampe hver. Klubber får 3 point for en sejr, 1 point for uafgjort, 0 point for et tab. Klubberne er rangeret efter point, og tiebreak er i følgende rækkefølge:
Større antal point opnået i gruppekampene mellem de pågældende hold;
Målforskel som følge af gruppekampene mellem de pågældende hold; ( Borte mål gælder ikke)
Større antal scorede mål i gruppekampene mellem de pågældende hold; ( Borte mål gælder ikke)
Målforskel i alle gruppekampene;
Større antal scorede mål i alle gruppekampene;
Spark fra straffemærket, hvis kun to hold er involveret, og de begge er på banen;
Færre score beregnet efter antallet af gule og røde kort modtaget i gruppekampene; (1 point for hvert gult kort, 3 point for hvert rødt kort som følge af to gule kort, 3 point for hvert direkte rødt kort, 4 point for hvert gult kort efterfulgt af et direkte rødt kort)
Lodtrækning.
Vinderne og toerne i hver gruppe kvalificerer sig til næste runde.
Lodtrækningen til ottendedelsfinalen i AFC Cup 2009 blev afholdt den 12. januar 2009 sammen med lodtrækningen om gruppespillet. Kampene i Vestasien blev spillet den 26. maj, mens kampene i Østasien blev spillet den 23. juni.
Lodtrækningen til kvartfinalen og de resterende knockout-runder fandt sted i Kuala Lumpur , Malaysia den 29. juni 2009 med start kl. 19.30. Kampene i første etape blev spillet den 15. september, mens kampene i anden etape blev spillet den 30. september.