FBF-sum - PDBsum
 | |
|---|---|
| Indhold | |
| Beskrivelse | Oversigt over strukturer indeholdt i Protein Data Bank. |
| Datatyper fanget |
Proteinstrukturer |
| Organismer | alle |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Det Europæiske Bioinformatikinstitut (EBI) |
| Forfattere | Roman Laskowski & al. (1997) |
| Primær henvisning | PMID 9433130 |
| Adgang | |
| Internet side | www |
| Diverse | |
Enheder, der kan bogmærkes |
Ja |
PDBsum er en database, der giver et overblik over indholdet af hver 3D makromolekylære struktur, der er deponeret i Protein Data Bank . Den originale version af databasen blev udviklet omkring 1995 af Roman Laskowski og samarbejdspartnere ved University College London . Fra og med 2014 vedligeholdes PDBsum af Laskowski og samarbejdspartnere i Janet Thorntons laboratorium ved European Bioinformatics Institute (EBI).
Hver struktur i PDBsum-databasen inkluderer et billede af strukturen (hovedbillede, set nedenfra og højre), molekylære komponenter indeholdt i komplekset (struktur), enzymreaktionsdiagram, hvis det er relevant, genteontologi funktionelle tildelinger, en 1D-sekvens, der er kommenteret af Pfam og InterPro domæneopgaver, beskrivelse af bundne molekyler og grafik, der viser interaktioner mellem protein og sekundær struktur, skematiske diagrammer af protein-protein-interaktioner , analyse af spalter indeholdt i strukturen og links til eksterne databaser. Den RasMol og Jmol molekylære grafik software bruges til at give en 3D-visning af molekyler og deres interaktioner inden PDBsum.
Siden frigivelsen af 1000 Genomes-projektet i oktober 2012 er alle enkelte aminosyrevarianter, der er identificeret af projektet, kortlagt til de tilsvarende proteinsekvenser i Protein Data Bank. Disse varianter vises også i PDBsum, krydsrefereret til den relevante UniProt- identifikator. PDBsum indeholder et antal proteinstrukturer, som kan være af interesse i strukturbaseret lægemiddeldesign . En gren af PDBsum, kendt som DrugPort, fokuserer på disse modeller og er knyttet til DrugBank- lægemiddeldatabasen.
Se også
Referencer
eksterne links
- Laskowski RA, Thornton JM. "PDBsum - startside" . Det Europæiske Institut for Bioinformatik.