Efter hans ældre bror Ptolemaios XIII i Egyptens død den 13. januar 47 f.Kr. og ifølge hans testamente blev han udråbt til farao og medhersker af deres ældre søster og resterende farao , Cleopatra VII i Egypten . Han var omkring 12 år gammel, da han tiltrådte tronen. Han og hans storesøster, Cleopatra, blev gift, men Cleopatra fortsatte med at fungere som elsker af den romerske diktator Julius Cæsar . Ptolemaios anses kun for at have regeret i navn som en indrømmelse til egyptisk tradition, hvor Cleopatra havde den faktiske autoritet.
Den 15. marts 44 f.Kr. blev Cæsar myrdet i Rom af en gruppe sammensværgere, hvis mest bemærkelsesværdige medlemmer var Marcus Junius Brutus og Gaius Cassius Longinus . Ptolemaios fulgte ham snart i døden. En indskrift, der omtalte ham som levende, blev dateret den 26. juli 44 f.Kr. Det er blevet antaget, men er stadig usikkert, at Cleopatra forgiftede hendes medhersker med aconit for at erstatte ham med hans nevø Ptolemaios XV Cæsar , hendes søn af Cæsar, der blev udråbt til medhersker den 2. september 44 f.Kr., og som hans mor havde til hensigt at støtte som sin fars efterfølger.