Kernemagnetisk resonansspektredatabase - Nuclear magnetic resonance spectra database
En nuklear magnetisk resonansspektredatabase er et elektronisk lager med oplysninger om nuklear magnetisk resonansspektre (NMR) . Sådanne arkiver kan downloades som selvstændige datasæt eller bruges online. Den form, hvor dataene opbevares, varierer og spænder fra linjelister, der kan vises grafisk til rå fri induktion henfald (FID) data. Data annoteres normalt på en måde, der korrelerer spektraldata med den relaterede molekylære struktur.
Dataformat
Linjeliste
Den form, hvor mest NMR er beskrevet i litteraturopgaver. Det er almindeligt, at databaser viser linjelister grafisk på en måde, der svarer til, hvordan behandlede spektre kan vises. Disse linjelister mangler dog opdeling af første og højere ordre, satellitter fra isotoper med lav overflod som kulstof eller platin, samt information om linjebredde og andre informative aspekter af linjeform. Fordelen ved en linjeliste er, at den kræver en minimal mængde hukommelse.
Behandlet billede
Når en FID er behandlet til et spektrum, kan den konverteres til et billede, der normalt optager mindre hukommelse end FID. Denne metode kræver mere hukommelse end en linjeliste, men forsyner brugeren betydeligt mere information. Det behandlede billede har mindre information end en rå FID, men det tager også mindre hukommelse og vises let i browsere og kræver ingen specialsoftware til datahåndtering.
Rå FID-fil
De rå fri induktionsnedbrydningsdata, der opnås ved udførelsen af eksperimentet, gemmes i henhold til instrumentproducentens formateringsindstillinger. Dette dataformat indeholder mest information og kræver mest lagerplads. En række kommercielle og fri for softwareprogrammer giver brugerne mulighed for at behandle FID-data til nyttige spektre, når FID-data er downloadet.
Almindelige søgemetoder
Nogle databasesøgningsmetoder er almindeligt tilgængelige:
- Sammensat navn - Kan omfatte officielle IUPAC-navne og almindelige navne.
- Molekylær formel - Enten en nøjagtig formel eller et interval.
- Molekylær struktur - Denne metode kræver en molekylær editorgrænseflade .
- Registreringsnummer - Normalt CAS-registreringsnummer, men de fleste databaser har også deres eget nummereringsskema.
- Spidsområde eller andre spektrale egenskaber - Brugeren indtaster data relateret til et spektrum af en ukendt forbindelse. Disse data bruges til forbindelser, der deler forskydningerne inden for specificerede begrænsninger. Dette giver brugerne mulighed for at finde den nøjagtige forbindelse eller molekyler med lignende funktionelle grupper.
- Spektrasøgning - Software bruges til at søge i en database efter spektre, der ligner et indsendt spektrum.
Liste over databaser
Følgende er en delvis liste over nukleare magnetiske resonansspektredatabaser:
ACD / Labs
Advanced Chemistry Development (ACD / labs) er en kemoinformatikvirksomhed , der producerer software til brug i håndtering af NMR-data og forudsigelse af NMR-spektre. ACD / Labs tilbyder Aldrich-biblioteket som en tilføjelse til deres generelle spektrumbehandlingssoftware og specialiserede NMR-softwareprodukter. NMR-forudsigere tillader forbedring af forudsigelsen af NMR-spektre ved at tilføje data til brugeruddannelsesdatabaser. Indholdsdatabaserne, der bruges til at træne forudsigelsesalgoritmerne (HNMR DB, CNMR DB, FNMR DB, NNMR DB og PNMR DB), inkluderer også referencer til instrumenter og litteratur. Disse databaser kan enten købes eller leases som biblioteker gennem individuelle kontrakter eller gruppekontrakter.
Aldrich NMR-bibliotek
En del af denne database er stadig tilgængelig i en udskrivningsversion med tre bind fra Aldrich . Den fulde elektroniske version inkluderer et supplement til spektre, der ikke er inkluderet i papirversionen. I alt inkluderer denne database mere end 15.000 forbindelser med de tilknyttede 300 MHz 1 H og 75 MHz 13 C spektre. Produktet inkluderer den nødvendige software til at se og håndtere NMR-data. Denne database kan købes som et bibliotek gennem individuelle eller gruppekontrakter. Spektredataene ser ud til at være lagret som billeder af behandlede FID-data.
Biologisk magnetisk resonansdatabank
Den biologiske magnetiske resonansdatabank (BioMagResBank eller BMRB) er sponsoreret af Institut for Biokemi ved University of Wisconsin – Madison ; det er dedikeret til proteiner , peptider , nukleinsyrer og andre biomolekyler. Det gemmer et stort udvalg af rå NMR-data.
Wiley's KnowItAll NMR Spectral Library
Wiley tilbyder en omfattende samling af spektraldata, inklusive deres Sadtler-standardspektre. Deres samling af NMR-spektraldata kan søges eller bruges til at opbygge forudsigelser; det inkluderer CNMR, HNMR og XNMR (F-19 NMR, P-31 NMR, N-15 NMR osv.) spektre.
ChemGate
En database, der blev udviklet og vedligeholdt af forlaget John Wiley & Sons . Denne database omfattede mere end 700.000 NMR-, IR- og MS-spektre, statistik, der er specifik for NMR-spektrene, er ikke angivet. NMR-dataene inkluderer 1 H, 13 C, 11 B, 15 N, 17 O, 19 F, 29 Si og 31 P. Dataene var i form af grafisk viste linjelister. Adgang til databasen kunne købes stykkevis eller leases som hele biblioteket gennem individuelle eller gruppekontrakter. Disse data gøres nu tilgængelige via Wiley Online Library.
ChemSpider
Den ChemSpider kemiske database accepterer bruger indsendte rå NMR-data. Dataene accepteres i JCAMP-DX-format, som aktivt kan ses online med JSpecView-appleten, eller dataene kan downloades til behandling med andre softwarepakker.
NMRShiftDB
Den NMRDShiftDB er udstyret med en grafisk linje dataliste. Dataene hostes af Köln Universitet . Online adgang er gratis, og brugerdeltagelse tilskyndes. Dataene er tilgængelige under GNU FDL- licensen. Indeholdt 53972 målte spektre af blandt andre kerner, 13 C, 1 H, 15 N, 11 B, 19 F, 29 Si og 31 P NMR pr. 4. marts 2021.
SpecInfo på Internettet
SpecInfo på Internettet NMR er tilgængelig via Wiley Online Library ( John Wiley & Sons ) og er en samling på ca. 440.000 NMR-spektre (organiseret som 13 C, 1 H, 19 F, 31 P og 29 Si NMR-databaser). Der er adgang til dataene via Internettet ved hjælp af en Java-grænseflade og lagres på en server udviklet sammen med BASF . Softwaren inkluderer generering af PDF-rapporter, spektrumforudsigelse (databasetrænet og / eller algoritmebaseret), strukturtegning, struktursøgning, spektrumsøgning, søgning i tekstfelt og mere. Adgang til databaser er tilgængelig for abonnenter enten som kun NMR eller kombineret med massespektrometri og FT-IR-data. Mange af disse data blev også gjort tilgængelige via ChemGate, beskrevet nedenfor. Dækning kan verificeres frit ved Compound Search . En mindre samling af disse data er stadig tilgængelig via STN International .
Spektral database for organiske forbindelser
Den Spectral Database til organiske forbindelser (SDBS) er udviklet og vedligeholdt af Japans Nationale Institut for Advanced Industrial Science and Technology . SDBS omfatter 14700 1 H-NMR-spektre og 13000 13 C-NMR-spektre samt FT-IR , Raman , ESR , og MS -data. Dataene gemmes og vises som et billede af de behandlede data. Kommentar opnås ved en liste over de kemiske skift korreleret med bogstaver, som også bruges til at mærke en molekylær stregtegning. Adgang til databasen er gratis til ikke-kommerciel brug. Brugere anmodes om ikke at downloade mere end 50 spektre og / eller sammensatte oplysninger på en dag. Mellem 1997 og februar 2008 har databasen været åbnet mere end 200 millioner gange. T. Saito, K. Hayamizu, M. Yanagisawa og O. Yamamoto tilskrives reproducerbarhed for NMR-data.