Orienteringer af proteiner i membrandatabasen - Orientations of Proteins in Membranes database

Orienteringer af proteiner i Membraner ( OPM ) database giver rumlige positioner af membranprotein strukturer i forhold til lipiddobbeltlaget . Proteinernes position beregnes ved hjælp af en implicit solvationsmodel af lipid-dobbeltlaget. Resultaterne af beregningerne blev verificeret mod eksperimentelle undersøgelser af rumlig placering af transmembrane og perifere proteiner i membraner.

Proteinstrukturer er taget fra Protein Data Bank . OPM tilvejebringer også strukturel klassifikation af membranassocierede proteiner i grupper og overfamilier, membran topologi , kvaternære struktur af proteiner i membranen-bundne tilstand, og typen af en destination membran for hvert protein. Koordinatfilerne med beregnede membrangrænser kan downloades. Stedet muliggør visualisering af proteinstrukturer med membrangrænseflader gennem Jmol .

Databasen blev meget brugt i eksperimentelle og teoretiske undersøgelser af membranassocierede proteiner. Imidlertid er strukturer af mange membranassocierede proteiner ikke inkluderet i databasen, hvis deres rumlige arrangement i membran ikke kan beregnes beregningsmæssigt ud fra den tredimensionelle struktur. Dette er tilfældet, når alle membranforankrende dele af proteinerne ( amfifile alfa-helices , eksponerede ikke-polære rester eller lipiderede aminosyrerester ) mangler i de eksperimentelle strukturer. Databasen inkluderer heller ikke strukturer med lavere opløsning med kun hovedkædeatomer leveret af Protein Data Bank . De beregnede rumlige arrangementer af proteinstrukturer med lavere opløsning i lipid-dobbeltlaget kan findes i andre ressourcer, såsom PDBTM.

Referencer