Patogenese-relateret protein - Pathogenesis-related protein

Patogeneserelaterede (PR) proteiner er proteiner, der produceres i planter i tilfælde af et patogenangreb . De induceres som en del af systemisk erhvervet modstand . Infektioner aktiverer gener, der producerer PR-proteiner. Nogle af disse proteiner er antimikrobielle, angribende molekyler i cellevæggen i en bakterie eller svamp. Andre kan fungere som signaler, der spreder "nyheder" om infektionen til nærliggende celler. Infektioner stimulerer også tværbinding af molekyler i cellevæggen og aflejring af lignin , svar, der skaber en lokal barrikade, der nedsætter spredningen af ​​patogenet til andre dele af planten.

Salicylsyre spiller en rolle i resistensen over for patogener ved at inducere produktionen af ​​patogeneserelaterede proteiner. Mange proteiner, der findes i vin, er druepatogenrelaterede proteiner. Disse inkluderer thaumatinlignende proteiner og chitinaser .

Mange patogeneserelaterede proteinfamilier falder også sammen med grupper af humane allergener, selvom allergien måske ikke har noget at gøre med proteinernes forsvarsfunktion. Gruppering af disse proteiner efter deres sekvensfunktioner giver mulighed for at finde potentielle allergifremkaldende proteiner fra sekventerede plantegenomer, et studiefelt kaldet " allergenomics ".

Klassifikation

Fra 2014 er 17 familier af PR-proteiner blevet navngivet:

Forskellige PR-proteinfamilier og allergener identificeret

Familie	Domæne klassifikation	Proteiner	Funktioner	Allergener
PR-1	IPR034111 IPR001283	PR-1a, PR-1b og PR-1c	Svampedræbende ( CAP )	Cuc m 3 (muskmelon; P83834 ) —oral allergisyndrom
PR-2	( GH17 )	β-1,3-glucanaser	Spalter β-1,3-glucaner	Hev b 2 (latex; P52407 ) —kontakt dermatitis Ole e 9 (oliven) - luftvejsallergi Mus a 5 (banan) —oral allergisyndrom
PR-3	IPR016283	Chitinase typer I, II, IV, V, VI og VII	Endochitinase	Pers a 1 (avocado) - bløde øjne eller næse, astma, hævelse osv. Mus a 2 (banan) - fødevareallergi som hævelse af læber, anafylaksi osv
PR-4	IPR001153	Barwin domæne chitinase I / II	Svampedræbende og chitinase	Pro-heveins : Hev b 6 — kontaktdermatitis
PR-5	IPR001938	Thaumatin- lignende	Svampedræbende	Jun a 3 (bjergceder), Cry j 1 (japansk cedertræ) og Cup a 3 (Arizona-cypress) - rhinitis, konjunktivitis og astma Pru av 2 (kirsebær), Mal d 2 (æble), Cap a 1 (paprika), Act d 2 (kiwi) og Mus a 4 (banan) —oral allergisyndrom
PR-6	IPR000864	Kartoffelprotease I	Proteinasehæmmer
PR-7	( Subtilisin- lignende)	Tomatendoproteinase P69 ( O82007 )	Endoproteinase
PR-8	( GH18 )	Agurkchitinase	Chitinase III	Hevamin (latex, P23472 ) —kontakt dermatitis. Ziz m 1 (Indian jujube, Q2VST0 ) —oral allergisyndrom Cof a 1 (kaffe, D7REL9 ) - øjen- og luftvejsallergi
PR-9	( Haemperoxidase III)	Tobaks lignin-dannende peroxidase ( P11965 )	Peroxidase
PR-10	IPR024949 IPR000916	Persille "PR-1"	Ribonuklease-lignende	Bet v 1 (birkepollen) - allergisk rhinoconjunctivitis og astma Pru av 1 (kirsebær), Mal d 1 (æble), Api g 1 (selleri) og Dau c 1 (gulerod) —oral allergisyndrom Gly m 4 (soja), Vig r 1 (mung bønne), Cor a 1 (hasselnød) og Cas s 1 (kastanje), Act c 8 (golden kiwi fruit), Act d 8 (green kiwi fruit) —oral allergy syndrom
PR-11	( GH18 )	Tobak chitinase V ( Q43576 )	Chitinase
PR-12	IPR008176	Radise Rs-AFP3 ( O24332 )	Plant Defensin
PR-13	IPR001010	Arabidopsis THI2.1 ( Q42596 )	Thionin
PR-14	IPR000528	Lipidoverføringsproteiner	Shuttling af phospholipider og fedtsyrer	Par j 1 (ukrudt; P43217 ) —rhinitis og astma Pru p 3 (fersken), Mal d 3 (æble), Pru av 3 (kirsebær), Pru ar 3 (abrikos), Cor a 8 (hasselnød), Cas s 8 (kastanje) og Zea m 14 (majs) - oral allergisyndrom
PR-15	IPR001929	Byg OxOa ( P45850 )	germin ; Oxalatoxidase
PR-16	IPR001929	Byg OxOLP ( O49871 )	germin-lignende
PR-17	IPR007541	Tobak NtPRp27 ( Q9XIY9 )	modstand mod sen rødme (?)

Identifikation

Da PR-proteiner produceres, når plantevæv er stresset, anvendes forskellige måder til stresssignalering til at "agn" på planten til at udtrykke PR-gener til identifikation. Nyttige stressfaktorer inkluderer en faktisk infektion eller simpelthen forsvarssignaler såsom salicylat og methyljasmonat . Proteinerne kan identificeres ved isolering, peptidfordøjelse og matching mod de genomiske sekvenser ( proteinsekventering ). De opnåede sekvenser kan derefter kontrolleres mod kendte PR-proteinfamilier for kategorisering.

Se også

• Acibenzolar-S-methyl
• Ordliste over fytopatologi
• R-gen , ikke-relaterede resistensproteiner

Referencer

Yderligere læsning

• Muthukrishnan S, Datta SP (1999). Patogenese-relaterede proteiner i planter . Boca Raton: CRC Press. s.  291 . ISBN 0-8493-0697-3.
• "Forsvarsrelaterede proteiner fra højere planter" . dmd.nihs.go.jp .

 Denne artikel indeholder tekst af Mau Sinha, Rashmi Prabha Singh, Gajraj Singh Kushwaha, Naseer Iqbal, Avinash Singh, Sanket Kaushik, Punit Kaur, Sujata Sharma og Tej P. Singh tilgængelig under CC BY 3.0- licensen.

eksterne links

• WHO Allergen Nomenclature til omdannelse af allergener til specifikke sekvenser.
• UniProt- nøgleord: KW-0568
• Kortlægning af genetisk ontologi : GO: 0009607 , GO: 0006952