Generisk modelorganismedatabase - Generic Model Organism Database

Generisk Model Organism Database projektlogo

Den generiske model organisme Database ( GMOD ) Projektet giver biologiske forskningsmiljøer med en værktøjskasse af open source-software -komponenter til visualisering, kommentering, styring og lagring af biologiske data. GMOD-projektet er finansieret af United States National Institutes of Health , National Science Foundation og USDA Agricultural Research Service .

Historie

GMOD-projektet blev startet i begyndelsen af ​​2000'erne som et samarbejde mellem flere modelorganismedatabaser (MOD'er), der delte et behov for at oprette lignende softwareværktøjer til behandling af data fra sekventeringsprojekter. MOD'er eller organisme-specifikke databaser beskriver genom og anden information om vigtige eksperimentelle organismer inden for biovidenskab og fanger de store mængder data og information, der genereres af moderne biologi . Snarere end hver gruppe designe deres egen software, fire store MODs-- FlyBase , Saccharomyces Genome Database , Mouse Genome Database , og WormBase -worked sammen om at skabe applikationer, der giver funktionalitet kræves af alle mods, såsom software til at hjælpe styre data i MOD og for at hjælpe brugerne med at få adgang til og forespørgsel på dataene.

GMOD-projektet arbejder på at holde softwarekomponenter interoperable. Til dette formål bruger mange af værktøjerne et fælles input / output-filformat eller kører en Chado-skema-database.

Chado-databaseskema

Chado-skemaet sigter mod at dække mange af de klasser af data, der ofte bruges af moderne biologer, fra genetiske data til fylogenetiske træer til publikationer til organismer til mikroarraydata til ID'er til RNA / proteinekspression. Chado bruger omfattende kontrollerede ordforråd til at skrive alle enheder i databasen; for eksempel: gener, transkripter, exoner, transponerbare elementer osv., opbevares i en funktionstabel med typen leveret af Sequence Ontology . Når en ny type føjes til sekvensontologien, kræver funktionstabellen ingen ændringer, kun en opdatering af dataene i databasen. Det samme gælder stort set analysedata, der også kan gemmes i Chado.

De eksisterende kernemoduler i Chado er:

• sekvens - til sekvenser / funktioner
• cv - til kontrollerede vokabs / ontologier
• generelt - i øjeblikket bare dbxrefs
• organisme - taksonomiske data
• pub - publikation og referencer
• companalysis - udvider sekvensmodul med beregningsanalysedata
• kort - ikke-sekvens kort
• genetiske - genetiske og fænotypiske data
• ekspression - genekspression
• naturlig mangfoldighed - befolkningsdata

Software

Den komplette liste over GMOD-softwarekomponenter findes på siden GMOD-komponenter. Disse komponenter inkluderer:

Deltagende databaser

Følgende organisme databaser bidrager til og / eller vedtager GMOD komponenter til modelorganismer databaser.

Relaterede projekter

• Bioperl , BioJava , Biopython , BioRuby osv.
• Ensembl
• Genontologi
• DAS
• Genomics Unified Schema
• Manatee: Manuel annoteringsværktøj
• Biocurator.org
• Åbn biomedicinske ontologier
• Sekvensontologi-projekt

Se også

• Biologisk database
• Genom-projekt
• Genomics
• Genom
• Genome Compiler - en alt-i-en softwareplatform til DNA-design og visualisering, datastyring og samarbejde.

Referencer

eksterne links

• GMOD-websted