Kontoret dukkede op i det 14. århundrede (eller tidligere), da det blev kombineret med det af Keeper of the Privy Seal . Kaldet Clericus Regis (selvom nogle har anvendt det på Lord Clerk Register ), blev han betragtet som en officerer for staten . Sekretæren skulle konstant deltage i kongens person, modtage andragender og mindesmærker, der blev præsenteret for ham, og skrive kongens svar på dem. Alle breve, som Patent passerede gennem hans hænder, blev tegnet af ham som med alle kongens breve og forsendelser, warrants, ordrer osv. I tilfælde af lange dokumenter blev en kort docket også abonneret af sekretæren for kongens gennemgang som et resumé; og da alle de skrifter, der blev underskrevet af kongen, kom gennem hans hænder, var han ansvarlig for dem, hvis de indeholdt noget, der var nedsættende for kronens love eller værdighed.
Fra 1626 indtil deres respektive dødsfald delte kong Charles I opgaverne mellem to sekretærer, jarlen af Glencairn og Sir Archibald Achison af Glencairn.
Sekretæren sad ikke altid i Skotlands parlament efter 1603, fordi hans pligter normalt involverede hans deltagelse i monarken, der derefter var bosiddende i England . Mellem 1608 og 1640 var der ofte to sekretærer, hvilket blev normal praksis efter 1680, selvom kun en kunne sidde i parlamentet.
Kontoret blev afskaffet som sådan i 1709, men derfra indtil 1725 og igen fra 1742 til 1746 var der en tredje udenrigsminister med særligt ansvar for skotske anliggender , for disse stillinger, se udenrigsminister for Skotland .