Wellcome Sanger Institute - Wellcome Sanger Institute
 | |
| Etableret | 1992 |
|---|---|
| Direktør | Michael Stratton |
| Fakultet | 32 |
| Personale | ~ 900 |
| Adresse | Wellcome Genome Campus |
| Beliggenhed | , |
| Internet side | sanger |
Den Wellcome Sanger Institute , tidligere kendt som The Sanger Centre og Wellcome Trust Sanger Institute , er en non-profit britiske genomforskning og genetik forskningsinstitut, primært finansieret af Wellcome Trust .
Det ligger på Wellcome Genome Campus ved landsbyen Hinxton , uden for Cambridge . Det deler denne placering med European Bioinformatics Institute . Det blev oprettet i 1992 og opkaldt efter dobbelt Nobelpristager Frederick Sanger . Det blev opfattet som et stort DNA -sekventeringscenter for at deltage i Human Genome Project , og fortsatte med at levere det største enkelt bidrag til guldstandardsekvensen for det menneskelige genom . Fra starten etablerede og har instituttet opretholdt en politik for datadeling og laver meget af sin forskning i samarbejde .
Siden 2000 har instituttet udvidet sin mission med at forstå "genetikkens rolle i sundhed og sygdom". Instituttet beskæftiger nu omkring 900 medarbejdere og beskæftiger sig med fem forskningsområder: Kræft, aldring og somatisk mutation; Cellular Genetics; Menneskelig genetik; Parasit og mikrober; og livets træ.
Faciliteter og ressourcer
Universitetsområde
I 1993 flyttede det daværende 17 personale i Sanger Center ind i midlertidigt laboratorierum i Hinxton Hall i Cambridgeshire . Dette sted på 55 hektar (220.000 m 2 ) skulle blive Wellcome Genome Campus, der har en voksende befolkning på omkring 1300 ansatte, hvoraf cirka 900 arbejder på Sanger Institute. Genome Campus omfatter også Wellcome Trust Conference Center og European Bioinformatics Institute . En større udvidelse af campus blev officielt åbnet i 2005; bygningerne rummer nye laboratorier, et datacenter og personalefaciliteter. Da han diskuterede navnet på centret, fortalte Sanger (stadig i live da centret blev åbnet) John Sulston , den grundlæggende direktør, at centret "hellere skulle være godt." Sulston kommenterede: "Jeg ville hellere ønske, at jeg ikke havde spurgt."
Sekventering
Sanger Instituttets sekventeringspersonale håndterer millioner af DNA -prøver hver uge. Instituttet "udnytter avancerede teknologier til at besvare spørgsmål, der ikke kan besvares for kun få år siden". De teknologiske fremskridt gør det muligt Sanger Institute til at udføre sekventering af genomerne fra individuelle mennesker, hvirveldyr arter og patogener , i et stadigt stigende tempo og reducere omkostningerne. Instituttet har mere end 100 igangværende patogen -sekventeringsprojekter. Sanger -instituttets output er omkring 10 milliarder baser af rådene sekvensdata om dagen.
Videnskabelige ressourcer
Bioinformatiske databaseressourcer er et af resultaterne af forskningsprogrammer, som Sanger Institute er involveret i. Dem, der hostes af Sanger Institute, omfatter:
- COSMIC , et katalog over somatiske mutationer i kræft
- DECIPHER , en database over kromosomal ubalance og fænotype hos mennesker ved hjælp af Ensembl -ressourcer
- Ensembl , en genombrowser co-hostet af European Bioinformatics Institute.
- GeneDB, en patogen -database
- Mouse Genetics Project , herunder en database med standardiseret fænotypisk analyse for mange hundrede mutante mus.
- Vega , en ressource til annotering af hvirveldyrs genom
Flere databaser blev startet på Sanger Institute, men er nu hostet andre steder:
- MEROPS , en peptidase -database
- Pfam , en protein-familie -database
- Rfam , en RNA -familiedatabase
- TreeFam , en database med fylogenetiske træer for dyregener
- WormBase , en database om biologien og sekvensen af modelorganismen C. elegans og andre beslægtede Nematoder.
- WormBase ParaSite , en database for genomics for parasitære helminths (både Nematodes og Platyhelminthes).
Forskning
Videnskabelig forskning på Sanger Institute er organiseret i fem videnskabelige programmer, der hver definerer et stort forskningsområde med et bestemt biologisk, sygdom eller analytisk fokus. De nuværende programmer på Sanger Institute er kræft, aldring og somatisk mutation, cellulær genetik, menneskelig genetik, parasitter og mikrober og livstræ. Undersøgelser fra alle programmer giver indsigt i menneskelig, patogen, cellulær udvikling, de fænotypiske og dermed biologiske konsekvenser af genomvariation og de processer, der forårsager mutationer.
Program for kræft, aldring og somatisk mutation
Tilbyder lederskab inden for dataaggregering og informatikinnovation, udvikler cellulære modeller med høj kapacitet til genom-dækkende funktionelle skærme og lægemiddeltest og udforsker somatisk mutations rolle i klonal udvikling, aldring og udvikling. Dette program inkluderer Cancer Genome Project .
Program for cellulær genetik
Udforsker menneskelig genfunktion ved at studere virkningen af genomvariation på cellebiologi. Store systematiske skærme bruges til at opdage virkningen af naturligt forekommende og konstruerede genommutationer i humane inducerede pluripotente celler (hIPSC'er), deres differentierede derivater og andre celletyper. Det er et af grundlæggerprogrammerne, der driver oprettelsen og organisationen af det internationale Human Cell Atlas -initiativ.
Human Genetics Program
Instituttets forskning i menneskelig genetik fokuserer på karakteriseringen af menneskelig genetisk variation i sundhed og sygdom. Bortset fra instituttets bidrag til Human Genome Project har forskere ved Sanger Institute ydet bidrag inden for forskellige forskningsområder vedrørende sygdom, befolkningskomparativ og evolutionær genetik . I januar 2008 signalerede lanceringen af 1000 Genomes Project , et samarbejde med forskere over hele kloden, en indsats for at sekvensere genomers for 1000 individer for at skabe det "mest detaljerede kort over menneskelig genetisk variation til støtte for sygdomsstudier". Dataene fra pilotprojekterne blev gjort gratis tilgængelige i offentlige databaser i juni 2010. I 2010 annoncerede Sanger Institute sin deltagelse i UK10K -projektet, der vil sekvensere genomerne for 10.000 individer til at identificere sjældne genetiske varianter og deres virkninger på menneskers sundhed . Sanger Institute er også en del af International Cancer Genome Consortium , en international indsats for at beskrive forskellige kræfttumortyper . Det er også en del af forskningsprogrammerne GENCODE og ENCODE at skabe et leksikon over DNA -elementer.
Programmet anvender genomik til undersøgelser i befolkningsskala for at identificere årsagsvarianter og veje involveret i menneskelig sygdom og deres virkninger på cellebiologi. Det modellerer også udviklingsforstyrrelser for at undersøge, hvilke fysiske aspekter der kan være reversible.
Program for patogener og mikrober
Undersøger de fælles underbygningsmekanismer for evolution, infektion og modstand mod terapi for at styrke forståelsen af bakterier , vira og parasitter med særlig interesse for malaria . Det undersøger også virkningerne af genomvariation på biologien af vært - patogeninteraktioner , især værtsrespons på infektion og mikroiotias rolle i sundhed og sygdom. Alle genomerne efter sekventering gøres tilgængelige på den webbaserede onsite-vedligeholdte database, GeneDB.
Livets træprogram
Livets træ -programmet blev oprettet i 2019 for at undersøge mangfoldigheden af komplekse organismer, der findes i Storbritannien gennem sekventering og cellulære teknologier. Det sammenligner og kontrasterer også artsgenomsekvenser for at låse indsigt i evolution og bevarelse op. Dette program vil spille en ledende rolle i Darwin Tree of Life Project, et britisk initiativ til sekvensering af genomerne for alle 66.000 komplekse arter ( eukaryoter ) på de britiske øer.
Samarbejder
Meget af Sanger Instituttets forskning udføres i partnerskab med det bredere videnskabelige samfund ; over 90 procent af instituttets forskningspapirer involverer samarbejde med andre organisationer. Væsentlige samarbejder omfatter:
- 1000 Genomes -projekt
- GENCODE og KODE (Encyclopedia of DNA Elements)
- International Cancer Genome Consortium
- Internationalt HapMap -projekt
- Internationalt knockout -musekonsortium
- Internationalt musfænotypekonsortium
- SNP ( Single nucleotide polymorphism ) Consortium
- Copy Number Variation Project
- Den genomsekvensering af S. pombe , C. elegans , mus og malaria -parasitten.
- Projektet Human Genome
- UK 10.000 Genomes Project (UK10K)
- Wellcome Trust - Institut for Bioteknologi , Indien Alliance
Offentligt engagement
Sanger Institute har et program for offentlig engagement . Programmet sigter mod at gøre kompleks biomedicinsk forskning tilgængelig for en række målgrupper, herunder skoleelever og deres lærere og medlemmer af lokalsamfundet.
Programmet Communication and Public Engagement sigter mod at "tilskynde til informeret diskussion om spørgsmål, der er relevante for Sanger Institute -forskningen" og "fremme et fællesskab af forskere, der effektivt kan engagere sig med forskellige målgrupper". Instituttet afholder besøg for mere end 1.500 studerende, lærere og samfundsgrupper om året. Besøgende kan møde videnskabeligt personale, besøge instituttet og dets faciliteter og deltage i etiske debatter og aktiviteter. Programmet tilbyder også faglige udviklingssessioner for lærere i GCSE og post 16 videnskab gennem det nationale netværk af videnskabslæringscentre og ved at være vært for besøg for grupper, der er interesseret i at opdatere deres viden om nutidig genetik. Videokonference i Sanger Institute tilbydes også til videnskabslæringscentre, videnskabscentre og skoler.
Videnskabeligt og offentligt engageret personale samarbejder også om og bidrager til nationale projekter såsom Storbritanniens InsideDNA -rejseudstilling og Who am I? galleri på Science Museum . De deltager også i offentlige arrangementer som Cambridge Science Festival.
Kandidatuddannelse
Instituttet driver to ph.d.-uddannelser: et fireårigt kursus for grundlæggende naturvidenskabelige kandidater og et treårigt kursus for klinikere. Det fireårige kursus kræver, at eleverne roterer rundt i tre forskellige laboratorier for at udvide deres videnskabelige horisont, inden de vælger et ph.d.-projekt. Hver elev skal vælge mindst et eksperimentelt og et informatikbaseret rotationsprojekt. Instituttet huser cirka 50 præ-doktorander, som alle er registreret ved University of Cambridge .
Betjente
Ifølge Companies House er de fem officerer i moderselskabet Genome Research Limited Henry Parkinson, Kay Elizabeth Davies, Rolf Dieter Heuer, James Cuthbert Smith, David Lindsay Willetts. Ifølge Sanger -webstedet er Henry Parkinson chef for juridisk.
Personale
Fra 2015 beskæftiger Sanger omkring 900 mennesker og ledes af Michael Stratton . Bemærkelsesværdige videnskabelige medarbejdere, fakulteter og alumner er anført nedenfor:
Akademisk fakultet
Fra 2019 leder et fakultet på 32 forskere hypotesedrevet forskning og søger svar på biomedicinske spørgsmål. Blandt andre inkluderer disse Dominic Kwiatkowski , Nicole Soranzo , Michael Stratton , Sarah Teichmann og Matthew Hurles . Instituttet har også et antal associerede fakultetsmedlemmer, internationale stipendiater og æresfakultet. Disse inkluderer blandt andre Adrian Bird , Ewan Birney , Chris Ponting , Fiona Powrie , Stephen O'Rahilly , Antonio Vidal-Puig og Wolf Reik .
Videnskabeligt rådgivende udvalg
Sanger Board of Management ledes af det videnskabelige rådgivende udvalg, hvis medlemmer omfatter professor David Altshuler , professor Anton Berns , professor David J. Lipman , professor Kevin Marsh og professor Sir Paul Nurse .
Alumni
Tidligere fakultetsmedlemmer hos Sanger inkluderer:
- Alex Bateman , EMBL - EBI
- Tim Hubbard , professor ved King's College London
- Leena Peltonen-Palotie ( 1952-2010 )
- Julian Rayner
- Eleftheria Zeggini
- Richard Durbin FRS
Historie
Ledelse
John E. Sulston var grundlægger af Sanger Institute. Sulston var medvirkende til valget af Hinxton -stedet for instituttet og forblev der som direktør indtil meddelelsen om færdiggørelsen af udkastet til det menneskelige genom i 2000. Sulston tog eksamen fra University of Cambridge i 1963 og afsluttede sin ph.d. om kemisk syntese af DNA i 1966. Han delte Nobelprisen i fysiologi eller medicin i 2002 med Robert Horvitz og Sydney Brenner , to år efter at han var blevet direktør for instituttet.
I 2000 forlod Allan Bradley sin ansættelse som professor ved Baylor College of Medicine i USA for at tiltræde som direktør for Sanger Institute. Bradley ønskede at bygge videre på de resultater, Sanger Institute havde opnået i Human Genome Project ved at "koncentrere sig om genfunktion, kræftgenomik og genomer af modelorganismer som mus og zebrafisk". Bradley modtog sin BA, MA og ph.d. i genetik fra University of Cambridge.
I 2010 trådte Bradley tilbage fra sin lederrolle for at danne et opstartsfirma , men forbliver på instituttets fakultet som emeritus -direktør. Mike Stratton , der er leder af Cancer Genome Project og International Cancer Genome Consortium , blev udnævnt til direktør for Sanger Institute i maj samme år.
Menneskelig genomprojekt
Sanger Institute blev åbnet i 1993, tre år efter starten på Human Genome Project , og fortsatte med at yde det største enkelt bidrag til guldstandardsekvensen for det menneskelige genom , der blev offentliggjort i 2004. Instituttet var engageret i samarbejder om sekvensering 8 af de 23 menneskelige kromosompar ( 1 , 6 , 9 , 10 , 13 , 20 , 22 og X ). Siden udgivelsen af det menneskelige genom har forskning udført på instituttet udviklet sig ud over sekvensering af organismer til forskellige biomedicinske forskningsområder, herunder undersøgelser af sygdomme som kræft, malaria og diabetes.
Kontrovers
I august 2018 blev det rapporteret, at der var en undersøgelse i gang om påstande om mobning af personale og kønsdiskrimination mod den øverste ledelse i Wellcome Trust Sanger Institute , herunder direktøren. Undersøgelsen, foretaget af advokatadvokaten Thomas Kibling fra Matrix Chambers , afsluttede i oktober 2018 og rensede Stratton for enhver forseelse, mens han opregnede områder til forbedring af arbejdet i Sanger Institute. Resultaterne og undersøgelsens uafhængighed blev bestridt.
I oktober 2019 blev det rapporteret, at instituttet havde fremstillet et medicinsk værktøj med det formål at tjene penge på det på trods af, at det ikke havde etisk eller juridisk godkendelse til at gøre det og var blevet gjort opmærksom på af Stellenbosch University og interne whistleblowere.