Kromosom 15 - Chromosome 15
Kromosom 15 | |
---|---|
Funktioner | |
Længde ( bp ) | 101.991.189 bp ( GRCh38 ) |
Antal gener | 561 ( CCDS ) |
Type | Autosome |
Centromer position |
Akrocentrisk (19,0 Mbp) |
Komplette genlister | |
CCDS | Genliste |
HGNC | Genliste |
UniProt | Genliste |
NCBI | Genliste |
Eksterne kortvisere | |
Ensembl | Kromosom 15 |
Entrez | Kromosom 15 |
NCBI | Kromosom 15 |
UCSC | Kromosom 15 |
Fuld DNA -sekvens | |
RefSeq | NC_000015 ( FASTA ) |
GenBank | CM000677 ( FASTA ) |
Kromosom 15 er et af de 23 par kromosomer hos mennesker . Folk har normalt to kopier af dette kromosom. Kromosom 15 dækker omkring 102 millioner basepar (byggematerialet i DNA ) og repræsenterer mellem 3% og 3,5% af det samlede DNA i celler . Kromosom 15 er et akrocentrisk kromosom med en meget lille kort arm ("p" -armen, for "petite"), som indeholder få proteinkodende gener blandt sine 19 millioner basepar. Det har også en meget større lang arm ("q" -armen), der er genrig og spænder over omkring 83 millioner basepar.
Det humane leukocytantigengen for β2-mikroglobulin findes på kromosom 15 såvel som FBN1-genet, der koder for både fibrillin-1 (et proteinkritisk to, der fungerer korrekt for bindevæv og aprosin, et lille protein produceret fra Park of the transkriberet fbn1 -gen -mRNA.
Gener
Antal gener
Følgende er nogle af estimaterne for gentælling af humant kromosom 15. Fordi forskere bruger forskellige metoder til genomkommentering, varierer deres forudsigelser af antallet af gener på hvert kromosom (for tekniske detaljer, se forudsigelse af gen ). Blandt forskellige projekter tager det samarbejdende konsensus -kodningssekvensprojekt ( CCDS ) en ekstremt konservativ strategi. Så CCDS's forudsigelse af gennumre repræsenterer en nedre grænse for det samlede antal humane proteinkodende gener.
Estimeret af | Proteinkodende gener | Ikke-kodende RNA-gener | Pseudogenes | Kilde | Udgivelses dato |
---|---|---|---|---|---|
CCDS | 561 | - | - | 2016-09-08 | |
HGNC | 559 | 328 | 433 | 2017-05-12 | |
Ensembl | 605 | 992 | 508 | 2017-03-29 | |
UniProt | 601 | - | - | 2018-02-28 | |
NCBI | 629 | 716 | 594 | 2017-05-19 |
Genliste
Det følgende er en delvis liste over gener på humant kromosom 15. For en komplet liste, se linket i infoboksen til højre.
- AAGAB : alfa- og gamma-adaptinbindende protein
- ACSBG1 : kodende enzym Acyl-CoA Synthetase, Bubblegum Family, medlem 1
- ARPP-19 : kodning af protein cAMP-reguleret phosphoprotein 19
- C15orf15 : kodende protein Sandsynligt ribosombiogeneseprotein RLP24
- CAPN3 : Calpain 3 (muskeldystrofi af lemmer-bælte type 2A)
- CHP : Calciumbindende protein P22
- CHSY1 : Chondroitinsulfatsyntase 1
- CLK3 : CDC -lignende kinase 3
- ClpX : kodende enzym ATP-afhængig Clp protease ATP-bindende underenhed clpX-lignende, mitokondrie
- COMMD4 : kodning af protein COMM-domæneholdigt protein 4
- CPEB1 : Cytoplasmatisk polyladenyleringselementbindende protein 1
- DTWD1 :
- ELL3 : kodende protein Forlængelsesfaktor RNA-polymerase II-lignende 3
- FAH : fumarylacetoacetathydrolase (fumarylacetoacetase)
- FAM214A : kodende protein Protein FAM214A
- FBN1 : fibrillin 1 (Marfan syndrom)
- FOXB1 : kodende protein Forkhead -boks B1
- GATM : Glycinaminotransferase , mitokondrie
- GCHFR : GTP cyclohydrolase 1 feedback regulatorisk protein
- GLCE : D-glucuronyl C5-epimerase
- HDGFRP3 :
- HEXA : hexosaminidase A (alfa -polypeptid) ( Tay -Sachs sygdom )
- HMG20A : kodende protein Højmobilitetsgruppe protein 20A
- IDDM3 koder protein insulinafhængig diabetes mellitus 3
- IMP3 : kodning af protein U3 lille nukleolært ribonukleoproteinprotein IMP3
- ITPKA : kodende enzym Inositol-trisphosphat 3-kinase A
- IVD : isovaleryl Coenzym A dehydrogenase
- KATNBL1 : kodende protein KATNBL1
- LARP6- kodende protein La-relateret protein 6 også kendt som acheron- eller La ribonucleoprotein-domæne-familiemedlem 6 (LARP6),
- LCMT2 : kodende enzym Leucin carboxylmethyltransferase 2
- LINC00926 kodende protein Lang intergenisk ikke-proteinkodende RNA 926
- MESDC2 : kodende protein LDLR chaperone MESD
- MESP1 : kodende protein Mesoderm posterior 1 homolog (mus)
- MFAP1 : kodende protein Microfibrillar-associeret protein 1
- MCPH4 : mikrocefali , primær autosomal recessiv 4
- MIR7-2 : kodende protein MicroRNA 7-2
- MIR627 : kodende protein MicroRNA 627
- NIPA2 : kodende protein Ikke-præget i Prader-Willi/Angelman syndrom region protein 2
- OCA2 : oculocutaneous albinism II (pink-eye dilution homolog, mus)
- PDCD7 : kodende protein Programmeret celledødsprotein 7
- PML : promyelocytisk leukæmiprotein (involveret i t (15,17) med RARalpha, dominerende årsag til akut promyelocytisk leukæmi.
- PTPLAD1 : kodende enzym Protein tyrosinphosphatase-lignende protein PTPLAD1
- PYGO1 : kodende protein Pygopus homolog 1 (Drosophila)
- RAD51 : RAD51 homolog (RecA homolog, E. coli) (S. cerevisiae)
- RMDN3 : kodende proteinregulator for mikrotubuli dynamik protein 3
- RNR3 : kodning af RNA, ribosomal 45S -klynge 3
- RTF1 : kodende protein Rtf1, Paf1/RNA polymerase II kompleks komponent, homolog ( S. cerevisiae )
- SCAMP2 : kodende protein Sekretorisk bærerassocieret membranprotein 2
- SCAMP5 : kodende protein Sekretorisk bærerassocieret membranprotein 5
- SCZD10 : kodende protein Skizofreni lidelse 10 (periodisk katatoni)
- SCAPER : S-fase CyclinA-associeret protein bosat i det endoplasmatiske retikulum
- SENP8 : kodende enzym Sentrin-specifik protease 8
- SERF2 : kodende protein Lille EDRK-rig faktor 2
- SLC24A5 : genet, der er ansvarligt for mindst 1/3 af hudfarveforskellene mellem racer, udtrykt i hjernen og nervesystemet
- SNAPC5 : kodning af protein- snRNA-aktiverende proteinkompleks-underenhed 5
- SPN1 : kodende protein Snurportin1
- STRC : stereocilin
- SUHW4 : kodende protein Zink fingerprotein 280D
- SYNM : kodende protein Synemin
- TGFBR2 : placering 3p24.2-p25 på grund af en inaktiveringsmutation
- TMC3 : kodning af proteintransmembrankanal som 3
- TMCO5A : kodende protein Transmembrane og coiled-coil domæner 5A
- TMED3 : kodning af protein Transmembrane p24 -handelsprotein 3
- UBE3A : ubiquitin protein ligase E3A (humant papillomavirus E6-associeret protein, Angelman syndrom)
- Ube3a-ATS :
- VPS39 : kodning af protein hVam6p/Vps39-lignende protein
- ZNF592 : kodende protein Zinkfingerprotein 592
- UNC13C: kodende protein unc-13 homolog C
Kromosomale tilstande
Følgende tilstande skyldes mutationer i kromosom 15. To af betingelserne ( Angelman syndrom og Prader – Willi syndrom ) involverer tab af genaktivitet i den samme del af kromosom 15, 15q11.2-q13.1 regionen. Denne opdagelse gav det første bevis hos mennesker på, at noget ud over gener kunne bestemme, hvordan generne udtrykkes .
Angelman syndrom
De vigtigste kendetegn ved Angelman syndrom er alvorlig intellektuel funktionsnedsættelse, ataksi , mangel på tale og overdrevent glad opførsel. Angelman syndrom skyldes tab af genaktivitet i en bestemt del af kromosom 15, 15q11-q13-regionen. Denne region indeholder et gen kaldet UBE3A, der, når det er muteret eller fraværende, sandsynligvis forårsager de karakteristiske træk ved denne tilstand. Folk har normalt to kopier af UBE3A -genet, en fra hver forælder. Begge kopier af dette gen er aktive i mange af kroppens væv. I hjernen er det imidlertid kun den kopi, der er arvet fra en persons mor (moderens kopi), der er aktiv. Hvis moderkopien går tabt på grund af en kromosomal ændring eller en genmutation, vil en person ikke have nogen kopier af UBE3A -genet i hjernen.
I de fleste tilfælde (ca. 70%) har mennesker med Angelman syndrom en deletion i moderens kopi af kromosom 15. Denne kromosomændring sletter den region af kromosom 15, der inkluderer UBE3A -genet. Fordi kopien af UBE3A -genet, der er arvet fra en persons far (den faderlige kopi) normalt er inaktiv i hjernen, resulterer en sletning i moderens kromosom 15 i ingen aktive kopier af UBE3A -genet i hjernen.
I 3% til 7% af tilfældene opstår Angelman syndrom, når en person har to kopier af faderligt kromosom 15 i stedet for en kopi fra hver forælder. Dette fænomen kaldes faderlig uniparental disomi (UPD). Personer med faderlig UPD for kromosom 15 har to kopier af UBE3A -genet, men de er begge arvet fra faderen og er derfor inaktive i hjernen.
Omkring 10% af tilfældene med Angelman syndrom er forårsaget af en mutation i UBE3A -genet, og yderligere 3% skyldes en defekt i DNA -regionen, der styrer aktiveringen af UBE3A -genet og andre gener på moderkopien af kromosom 15. I en lille procentdel af tilfældene kan Angelman syndrom skyldes en kromosomal omlægning kaldet en translokation eller en mutation i et andet gen end UBE3A. Disse genetiske ændringer kan unormalt inaktivere UBE3A -genet.
Angelman syndrom kan være arveligt, som det fremgår af et tilfælde, hvor en patient blev gravid med en datter, der også havde tilstanden.
Prader -Willis syndrom
De vigtigste egenskaber ved denne tilstand omfatter polyfagi (ekstrem, umættelig appetit), mild til moderat udviklingsforsinkelse, hypogonadisme, der resulterer i forsinket til ingen pubertet og hypotoni . Prader-Willi syndrom skyldes tab af aktive gener i en specifik del af kromosom 15, 15q11-q13-regionen. Folk har normalt to kopier af dette kromosom i hver celle, en kopi fra hver forælder. Prader -Willis syndrom opstår, når faderlig kopi helt eller delvist mangler.
I omkring 70% af tilfældene opstår Prader-Willis syndrom, når 15q11-q13-regionen i faderligt kromosom 15 er slettet. Generne i denne region er normalt aktive på den faderlige kopi af kromosomet og er inaktive på den moderlige kopi. Derfor vil en person med en deletion i faderligt kromosom 15 ikke have nogen aktive gener i denne region.
I omkring 25% af tilfældene har en person med Prader – Willi syndrom to moderkopier af kromosom 15 i hver celle i stedet for en kopi fra hver forælder. Dette fænomen kaldes maternel uniparental disomi. Fordi nogle gener normalt kun er aktive på faderlig kopi af dette kromosom, vil en person med to maternelle kopier af kromosom 15 ikke have nogen aktive kopier af disse gener.
I en lille procentdel af tilfældene er Prader -Willi syndrom ikke forårsaget af en kromosomal omlægning kaldet en trans -placering. Sjældent er tilstanden forårsaget af en abnormitet i DNA -regionen, der kontrollerer aktiviteten af gener på faderligt kromosom 15. Fordi patienter næsten altid har svært ved at reproducere, er Prader -Willi syndrom generelt ikke arveligt.
Isodicentrisk kromosom 15
En specifik kromosomændring kaldet et isodicentrisk kromosom 15 (IDIC15) (også kendt under en række andre navne ) kan påvirke vækst og udvikling. Patienten har et "ekstra" eller "markør" kromosom. Dette lille ekstra kromosom består af genetisk materiale fra kromosom 15, der er blevet unormalt duplikeret (kopieret) og fastgjort ende-til-ende. I nogle tilfælde er det ekstra kromosom meget lille og har ingen effekt på en persons helbred. Et større isodicentrisk kromosom 15 kan resultere i svag muskeltonus (hypotoni), mental retardering, anfald og adfærdsproblemer. Tegn og symptomer på autisme (en udviklingsforstyrrelse, der påvirker kommunikation og social interaktion) har også været forbundet med tilstedeværelsen af et isodicentrisk kromosom 15.
Andre kromosomale tilstande
Andre ændringer i antallet eller strukturen af kromosom 15 kan forårsage forsinkelser i udviklingen, forsinket vækst og udvikling, hypotoni og karakteristiske ansigtstræk. Disse ændringer omfatter en ekstra kopi af en del af kromosom 15 i hver celle (delvis trisomi 15) eller et manglende segment af kromosomet i hver celle (delvis monosomi 15). I nogle tilfælde slettes eller duplikeres flere af kromosomets DNA -byggesten (nukleotider).
Følgende sygdomme er nogle af dem, der er relateret til gener på kromosom 15:
- Bloom syndrom
- Brystkræft
- Isovalerisk acidæmi
- Loeys – Dietz , type 3 (SMAD3 -gen)
- Marfan syndrom
- Ikke -syndromisk døvhed
- Schaaf – Yang syndrom (SYS)
- Tay -Sachs sygdom
- Tyrosinæmi
Cytogenetisk bånd
Chr. | Arm | Band | ISCN start |
ISCN stop |
Basepar start |
basepar -stop |
Plet | Massefylde |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
15 | s | 13 | 0 | 270 | 1 | 4.200.000 | gvar | |
15 | s | 12 | 270 | 631 | 4.200.001 | 9.700.000 | stilk | |
15 | s | 11.2 | 631 | 1142 | 9.700.001 | 17.500.000 | gvar | |
15 | s | 11.1 | 1142 | 1382 | 17.500.001 | 19.000.000 | acen | |
15 | q | 11.1 | 1382 | 1487 | 19.000.001 | 20.500.000 | acen | |
15 | q | 11.2 | 1487 | 1773 | 20.500.001 | 25.500.000 | gneg | |
15 | q | 12 | 1773 | 1968 | 25.500.001 | 27.800.000 | gpos | 50 |
15 | q | 13.1 | 1968 | 2164 | 27.800.001 | 30.000.000 | gneg | |
15 | q | 13.2 | 2164 | 2284 | 30.000.001 | 30.900.000 | gpos | 50 |
15 | q | 13.3 | 2284 | 2524 | 30.900.001 | 33.400.000 | gneg | |
15 | q | 14 | 2524 | 2765 | 33.400.001 | 39.800.000 | gpos | 75 |
15 | q | 15.1 | 2765 | 2975 | 39.800.001 | 42.500.000 | gneg | |
15 | q | 15.2 | 2975 | 3065 | 42.500.001 | 43.300.000 | gpos | 25 |
15 | q | 15.3 | 3065 | 3245 | 43.300.001 | 44.500.000 | gneg | |
15 | q | 21.1 | 3245 | 3471 | 44.500.001 | 49.200.000 | gpos | 75 |
15 | q | 21.2 | 3471 | 3621 | 49.200.001 | 52.600.000 | gneg | |
15 | q | 21.3 | 3621 | 3846 | 52.600.001 | 58.800.000 | gpos | 75 |
15 | q | 22.1 | 3846 | 3982 | 58.800.001 | 59.000.000 | gneg | |
15 | q | 22.2 | 3982 | 4087 | 59.000.001 | 63.400.000 | gpos | 25 |
15 | q | 22.31 | 4087 | 4252 | 63.400.001 | 66.900.000 | gneg | |
15 | q | 22.32 | 4252 | 4357 | 66.900.001 | 67.000.000 | gpos | 25 |
15 | q | 22.33 | 4357 | 4507 | 67.000.001 | 67.200.000 | gneg | |
15 | q | 23 | 4507 | 4613 | 67.200.001 | 72.400.000 | gpos | 25 |
15 | q | 24.1 | 4613 | 4748 | 72.400.001 | 74.900.000 | gneg | |
15 | q | 24.2 | 4748 | 4808 | 74.900.001 | 76.300.000 | gpos | 25 |
15 | q | 24.3 | 4808 | 4928 | 76.300.001 | 78.000.000 | gneg | |
15 | q | 25.1 | 4928 | 5048 | 78.000.001 | 81.400.000 | gpos | 50 |
15 | q | 25.2 | 5048 | 5169 | 81.400.001 | 84.700.000 | gneg | |
15 | q | 25.3 | 5169 | 5379 | 84.700.001 | 88.500.000 | gpos | 50 |
15 | q | 26.1 | 5379 | 5649 | 88.500.001 | 93.800.000 | gneg | |
15 | q | 26.2 | 5649 | 5860 | 93.800.001 | 98.000.000 | gpos | 50 |
15 | q | 26.3 | 5860 | 6070 | 98.000.001 | 101.991.189 | gneg |
Referencer
Specifikke referencer:
Generelle referencer:
- Bittel DC, Butler MG (2005). "Prader-Willi syndrom: klinisk genetik, cytogenetik og molekylærbiologi" . Ekspert Rev Mol Med . 7 (14): 1–20. doi : 10.1017/S1462399405009531 . PMC 6750281 . PMID 16038620 .
- Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Butler MG (2003). "Mikroarrayanalyse af gen/transkriptekspression i Prader-Willi syndrom: deletion versus UPD" . J Med Genet . 40 (8): 568–574. doi : 10.1136/jmg.40.8.568 . PMC 1735542 . PMID 12920063 .
- Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Driscoll DJ, Butler MG (2005). "Mikroarrayanalyse af gen/transkriptekspression i Angelman syndrom: deletion versus UPD" . Genomik . 85 (1): 85–91. doi : 10.1016/j.ygeno.2004.10.010 . PMC 6800218 . PMID 15607424 .
- Borgatti R, Piccinelli P, Passoni D, Dalpra L, Miozzo M, Micheli R, Gagliardi C, Balottin U (2001). "Forholdet mellem kliniske og genetiske træk hos" inverterede duplikerede kromosom 15 "patienter". Pædiatr Neurol . 24 (2): 111–116. doi : 10.1016/S0887-8994 (00) 00244-7 . PMID 11275459 .
- Butler MG, Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Thompson T (2004). "Adfærdsforskelle mellem forsøgspersoner med Prader-Willi syndrom og type I eller type II deletion og maternel disomi" . Pædiatri . 113 (3 pkt. 1): 565–573. doi : 10.1542/peds.113.3.565 . PMC 6743499 . PMID 14993551 .
- Cassidy SB, Dykens E, Williams CA (2000). "Prader-Willi og Angelman syndromer: søster præget lidelser". Er J Med Genet . 97 (2): 136–146. doi : 10.1002/1096-8628 (200022) 97: 2 <136 :: AID-AJMG5> 3.0.CO; 2-V . PMID 11180221 .
- Clayton-Smith J, Laan L (2003). "Angelman syndrom: en gennemgang af de kliniske og genetiske aspekter" . J Med Genet . 40 (2): 87–95. doi : 10.1136/jmg.40.2.87 . PMC 1735357 . PMID 12566516 .
- Gilbert F (1999). "Sygdomsgener og kromosomer: sygdomskort over det menneskelige genom. Kromosom 15". Genet Test . 3 (3): 309–322. doi : 10.1089/109065799316653 . PMID 10495933 .
- Lee S, Wevrick R (2000). "Identifikation af nye påtrykte udskrifter i Prader-Willi syndrom og sletningsregion for Angelman syndrom: yderligere bevis for regional aftrykskontrol" . Er J Hum Genet . 66 (3): 848–858. doi : 10.1086/302817 . PMC 1288168 . PMID 10712201 .
- Rineer S, Finucane B, Simon EW (1998). "Autistiske symptomer blandt børn og unge voksne med isodicentrisk kromosom 15". Er J Med Genet . 81 (5): 428–433. doi : 10.1002/(SICI) 1096-8628 (19980907) 81: 5 <428 :: AID-AJMG12> 3.0.CO; 2-E . PMID 9754629 .
- Zollino M, Tiziano F, Di Stefano C, Neri G (1999). "Delvis dobbeltarbejde af kromosom 15's lange arm: bekræftelse af en forårsagende rolle ved kraniosynostose og definition af et 15q25-qter trisomisyndrom". Er J Med Genet . 87 (5): 391–394. doi : 10.1002/(SICI) 1096-8628 (19991222) 87: 5 <391 :: AID-AJMG4> 3.0.CO; 2-O . PMID 10594876 .
eksterne links
- National Institutes of Health. "Kromosom 15" . Genetik Hjemreference . Arkiveret fra originalen den 3. august 2004 . Hentet 2017-05-06 .
- "Kromosom 15" . Informationsarkiv for menneskelige genomprojekter 1990–2003 . Hentet 2017-05-06 .